Das Fortbildungsprogramm des EFWI besteht aus 7 Modulen, wovon mindestens sechs zu absolvieren sind.

Das Fortbildungsprogramm wird von Pfarrerin Dr. Young-Mi Lee, Dozentin am EFWI, geleitet.

Das EFWI-Fortbildungs- und Unterstützungsprogramm „Schulseelsorge“ richtet sich an (Religions)Lehrer:innen und Pfarrer:innen im Schuldienst. Es ist schulartübergreifend angelegt und besteht aus sieben Modulen:

1. Einführung in die Schulseelsorge
2. Gesprächsführung
3. Konflikte im System Schule
4. Schulseelsorge und Religionsunterricht
5. Umgang mit Krisen
6. Spiritualität in der Schule
7. Heterogenität in der Schulseelsorge

Pro Halbjahr wird mindestens ein Modul aus dem Programm angeboten; die Teilnahme an einzelnen Modulen ist möglich. Wer an mindestens sechs Modulen (darunter Modul 1 und 2) teilgenommen hat, erhält zusätzlich zu den Teilnahmebescheinigungen für die einzelnen Veranstaltungen ein Zertifikat mit dem Inhalt: „N. N. hat das EFWI-Fortbildungsprogramm "Schulseelsorge" erfolgreich absolviert.“